PEPABRI lahir di bawah kepemimpinan Presiden Sukarno, menempuh kebijaksanaan rehabilitasi dan rasionalisasi pada awal tahun 50-an, tidak sedikit pejuang yang menerima kenyataan harus keluar dari formasi APRI. Banyak bekas pejuang yang menerima dampaknya. Mereka merasakan adanya ketidakadilan, sedangkan disisi lain tampak kondisi kehidupan mereka sangat memprihatinkan.
Dengan memperhatikan keadaan yang berkembang, khususnya kondisi umum para bekas pejuang kemerdekaan, sekelompok pensiunan TNI merasa terpanggil untuk mengambil inisiatif membentuk organisasi pensiunan TNI. Pada tanggal 1 September 1953, di Solo berdirilah organisasi Persatuan Pensiunan Angkatan Perang Republik Indonesia disingkat PPAPRI. Organisasi PPAPRI masih bersifat lokal, dengan anggota meliputi mereka yang berada di sekitar Keresidenan Surakarta, khususnya para mantan anggota legiun Mangkunegaran. PPAPRI mempunyai tujuan, selain menggalang solidaritas, juga berupaya meningkatkan kesejahteraan anggotanya. Pada tanggal 12 April 1957 para pensiunan TNI di Jakarta membentuk organisasi Persatuan Pensiunan Angkatan Perang Republik Indonesia disingkat PERPAPRI yang juga masih bersifat lokal. Kelahiran PERPAPRI di Jakarta didorong oleh semangat juang yang tidak mengenal pensiun.
Pada tanggal 10 sampai dengan 12 September 1959, PERPAPRI menyelenggarakan Kongres Nasional - I di Kaliurang Yogyakarta yang juga dihadiri oleh perwakilan dari Yogyakarta, Jawa Barat, Jawa Timur dan PPAPRI Solo. Kongres ini menghasilkan keputusan yang sangat monumental yakni sepakat mempersatukan seluruh organisasi pensiunan dan Janda APRI/Janda pensiunan dalam satu wadah, dengan nama Persatuan Pensiunan Angkatan Perang Republik Indonesia disingkat PEPAPRI serta menyepakati landasan perjuangan dan identitas organisasi, yang kemudian dirumuskan dalam kode kehormatan "Catur Dharma". Organisasi pensiunan dan janda APRI/janda pensiunan, telah lahir di bumi Indonesia. Inilah cikal bakal organisasi PEPABRI.
Dalam perjalanannya, sesuai dengan kebutuhan organisasi, PEPABRI telah melakukan 8 (delapan) kali penyempurnaan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangganya; membentuk beberapa badan extra struktural, merubah istilah Kongres Nasional menjadi Musyawarah Nasional sejak tahun 1967; merubah jangka waktu Munas dari 3 (tiga) tahun sekali menjadi 5 (lima) tahun sekali; serta beberapa kali merubah istilah Pengurus Besar menjadi Pengurus Pusat, kemudian menjadi Dewan Pimpinan Pusat hingga sekarang.
